为了说服国防部高层和国会同意翻修，五角大楼主管人员煞费苦心。卡特把生锈的管道、老化的电线、脱落的石棉送往国会，让议员们“过目”。游说失败，他组织高级官员参观大楼，展示凹陷的地板和漏水的管道。

1993年，国会终于同意翻修，规定工期14年，要求最小限度干扰办公。1999年，工期拖延至2014年。2011年9月11日美国遭受恐怖袭击，国会追加经费，完工日期得以提前至2011年。

工程开始后，军方高层抱怨施工噪音大，震动令人难以忍受，威胁要停止这一项目。另外，项目面临费用超支。

埃维1997年接手，成为工程主管，采取新措施，把大楼分为5个区域，按先后顺序施工。施工区域的工作人员先搬往别处，完工后返回。

如果一些“房客”拒绝搬迁，施工方就“动硬”，包括停电；从上一层楼向地板打电钻；警告拒绝搬迁者，石棉块将“空袭”。

翻修“静悄悄”完工，最后一批工作人员4月下旬搬回，不少人没有觉察工程已经完成。

“9・11”袭击发生时，第一区域刚完工，遭一架客机撞击，125人死亡。如果没有翻修，人员伤亡可能更多，因为完工部分有防爆窗、结构支撑和消防喷头。另外，一些工作人员没有搬回。

袭击后，以针对大楼暴露的薄弱点，翻修方案改进，例如，紧急行动中心工作人员可操作电脑系统，关闭楼内水阀，避免大楼遇袭后险些瘫痪的情况重演。

除混凝土结构和石灰石外墙，整个大楼几乎完全翻新。美方官员在最后一刻决定，保留一处区域，面积大约150平方米，以便参观者能了解大楼的原始风貌。