如何面对因对利比亚军事行动而起的美国两党之争，是帕内塔面临的另一挑战。

今年3月19日开始的对利比亚军事行动，至今迟迟没有取得预期结果。尽管美军已将作战指挥权交给北约，但北约自身能力有限，而共和党控制的美国国会众议院对奥巴马总统干预利比亚冲突时没有寻求国会授权感到不满。一些议员指责奥巴马违反了1973年的《战争权力法》。这项法律要求，美军在参与战争行动时需要得到国会的授权和批准。日前，众议院又否决了授权美军在利比亚继续开展军事行动的议案，使国会与白宫就是否在利比亚展开军事行动的争端升级。显然，对利比亚军事行动也成为帕内塔必须马上面对的问题。

奥巴马选用曾经担任过白宫行政管理与预算局局长的帕内塔担任国防部长，一个重要的目的是让他来向美军推销不受欢迎的国防预算削减计划。此前，盖茨提出的预期国防预算削减计划准备在今后10年内削减4000亿美元，而奥巴马希望盖茨能够再增加4000亿美元的国防预算削减额，从而实现未来12年内美国预算赤字减少4万亿美元的目标。然而从历史上看，1945年以来美国国防预算一直处于增长状态，几乎每年都达到新的高点。帕内塔能否真正带领美军进入预算削减时代，人们也在拭目以待。