日本新干线和各种电车虽以高效、准时、安全著称，但也发生过多起安全事故，甚至造成了重大伤亡。为保证事故调查的客观公正，日本充分利用立法手段，逐渐形成了一套较为完备的调查体制。

1971年7月，日本全日空一架飞机在岩手县上空与航空自卫队一架飞机相撞，自卫队员跳伞逃生，而全日空飞机上155名乘客和7名机组人员遇难。以此为教训，日本国会在1973年10月通过了《航空事故调查委员会设置法》。根据该法，日本政府次年在运输省内设置了航空事故调查委员会。

最初航空事故调查委员会只调查航空事故。铁道事故仍然和一般交通事故一样，基本上由警察进行搜查，只有出现重大事故的时候，才成立临时调查委员会。

但是调查铁路事故也需要调查铁轨与车轮的摩擦、司机与调度的判断、气象影响等，需要专业知识并听取专家的意见。1991年，日本滋贺县信乐高原铁道发生列车相撞事故，3节车厢出轨，造成42人死亡、527人受伤。2000年3月地铁日比谷线出现因脱轨而相撞的事故后，调查铁路事故的重要性受到重视。

为此，日本国会于2001年4月对《航空事故调查委员会设置法》进行了修改，改称《航空和铁道事故调查委员会设置法》。同年10月，航空事故调查委员会改组为航空和铁道事故调查委员会。

航空和铁道事故调查委员会属于国土交通省的审议会，负责科学分析、现场查证、听取有关人员的证词，为防止事故再次发生、提高安全性而向有关机构提出建议。委员会只基于公正和中立立场进行客观调查，不负责追究有关人员的责任。

铁道事故包括车辆脱轨、车辆相撞、车辆火灾等事故，还包括乘客和乘务员死亡、出现5人以上的死伤，以及存在重大隐患、有发生事故的危险等事态。直接承担调查任务的是委员会事务局内的事故调查官。铁路发生事故后，委员会会从事故调查官中指定负责人，由其负责到底。

调查官调查内容包括：要求事故有关人员汇报情况；进入事故现场和其他有必要的地点，检查相关物件；对相关人员进行问询；对相关物件的所有人或者保管人提出物件要求，或者暂时留存该物件；要求相关物件的所有人或者保管人保护该物件，禁止移动；禁止无关人员进入现场。