民进党内在形式上并不缺乏相关的党纪规章和监督机制。民进党的党章就规定，“各级组织之决议、活动有违背党章或本党之政策者，中央党部得予以公开谴责、撤销该决议或活动、撤销该组织之处分”；“党员之言行有违背党章、决议或破坏本党名誉之情事者，本党得予评议并裁决适当之处分”。从组织机构上看，民进党设有“中央执行委员会”和“中央评议委员会”，根据党章规定，“中评会”的职权包括“党员及各级组织奖惩之决定”，“中执会”的职权包括“审查奖惩之提案”。在惩处违纪的程序上，民进党党章也有规定，“有关各级组织之惩罚事项，由中执会提案，移送中评会议决。但中评会建请中执会调查之案件，中执会若未于三十日内提案，中评会得径行议决”。除了在党内具有最高效力的党章之外，民进党还有“纪律评议裁决条例”对党员的违纪行为进行具体规范。但是，这些制度并没有能够有效规范和约束民进党上台以来的种种贪腐行为。

民进党上台以前从未体尝过权力的滋味，在2000年的选举中意外获得执政地位后，一直到今天，党内都还未能建立起有效分配和监督权力的机制。在以权力为中心的思维下，迅速形成了陈水扁一人独揽党政军大权的态势，民进党的各种制度、规章在陈水扁的面前形同虚设，甚至多次出现因应陈水扁一人之需而修改党章的情况。在意识到陈水扁的权力高于一切的情况下，陈水扁的家庭成员和亲信、民进党内的政治人物、亲近民进党的政治投机者就很自然地唯陈水扁的马首是瞻，而并不在意民进党的各种制度、规章。在他们看来，只要陈水扁在民进党内还掌控着最高权力，他们只要能够维系同陈水扁的特殊关系，即使有贪腐行为，民进党的党纪部门也会因陈水扁而噤若寒蝉，不敢对他们进行惩处，他们贪腐的成本因此大幅减小，风险也大大降低，更加刺激了他们的贪腐行为。在“台开弊案”、“SOGO礼券案”、“公务机要费案”等弊案被媒体爆出之前，民进党的党纪部门对这些涉案者的违纪行为并不知晓，即使在弊案爆出和被起诉之后，无论是停权、移送“廉政委员会”、退党或民进党对他们开除党籍也只是一种“事后诸葛”的处理。实际上，在维护执政地位的现实政治考量下，民进党的几乎所有运作和功能都不得不以维护陈水扁的权位为最高目标，与陈水扁关系密切人士的贪腐行为则被刻意掩盖或忽视，即使在围绕陈水扁的亲信、“第一家庭”的弊案频发的时候，民进党也不得不表示要“巩固领导中心”，从而付出损耗“清廉”形象，被认定是“贪腐政党”的政治代价。