随着基层党建宏观层面的“理论障碍”逐一破解，微观层面的理论困惑和实践难题也得到有效化解。

——在社区党建领域，通过实行党工委报告工作制和职务任期制，进一步完善了党工委功能；通过建立区、街道和社区三级协调机制，使社区党建共驻共建问题得到有效解决。

——在新经济组织党建领域，一方面全面实行党组织“内建”的组建模式，另一方面对新经济组织与国有企业党组织的“政治核心”作用作出区别，从理论上阐述了“在当前和今后一个时期，新经济组织党组织不能像国有企业那样实行‘党管干部’和‘参与企业重大问题的决策’”。

——在新社会组织党建领域，提出了“行政无主管，但党组织不能无上级”的重要理论命题，指出，作为行业自律组织“行政无上级主管，符合市场经济原则要求。但帮助党组织建立具有纵向领导关系的党建责任主体，不是重新找回行政主管部门这个‘婆婆’，而是党内健全组织体系的客观要求”。

——在农村党建领域，在科学回答和破解农村党员老化问题的基础上，针对农村产业结构调整变化、党员流动性增强等实际情况，积极探索完成了农村基层党建体制机制的改革创新。

——在国企党建领域，针对企业由政治单元转变成独立自主、自负盈亏的法人实体的客观变化，指出企业党组织政治功能由“领导核心”变为“政治核心”，“符合科学原理”。在理顺党建管理体制问题上，探索实行了“两分开、一分解”。“两分开”，即将投资者的所有权和企业的经营权分开，以解决政企分开问题；将政府的所有者管理职能和公共事务管理职能分开。“一分解”，就是将继续散在各政府部门管理的中小企业，通过改制变成新经济组织后，其党建工作实行属地化，由各县市区依托组织部门或和其他部门成立非公企业党工委管理。

——在机关事业单位领域，针对机关党建“各自为战”的实际情况，采取了“双重管理体制”，即不论成立党委或党组，机关党建工作一律归到市直机关工委管理。