在中央人民政府和平解放西藏方针的感召下，西藏地方政府终于改变态度，于1951年2月派出以阿沛老为首席全权代表的代表团前往北京同中央人民政府进行和平谈判。4月，阿沛老到达重庆，受到时任中共中央西南局书记邓小平同志及各界群众的热烈欢迎。5月1日，毛泽东主席在天安门城楼上接见了阿沛老一行并亲切地说，我们是一家人，家里的事情大家商量着办，就能办好。5月23日，中央人民政府和西藏地方政府的全权代表在北京签订了《中央人民政府和西藏地方政府关于和平解放西藏办法的协议》（简称“十七条协议”），西藏和平解放。

西藏和平解放后，阿沛老不遗余力地通过各种方式宣传“十七条协议”，争取更多的人拥护和执行协议，发展壮大爱国力量，同时针对伪“人民会议”等各种破坏协议、分裂祖国的势力和言行进行坚决斗争，终于1952年5月1日取缔了伪“人民会议”。1954年9月，阿沛老到北京出席第一届全国人民代表大会第一次会议，邓小平同志接见了他，对他的工作给予肯定和支持。

1955年3月，根据“十七条协议”的规定，在充分征求西藏社会各界意见后，国务院决定成立西藏自治区筹备委员会，阿沛老担任筹备处处长。在筹备工作期间，少数分裂主义分子公开反对国务院的决定，破坏民族团结，甚至叫嚷“西藏独立”。在西藏工委的领导下，阿沛老带领筹备组同分裂主义分子进行了有理、有利、有节的斗争，排除干扰、尽职尽责，使筹备工作得以顺利进行。

1959年3月，西藏上层反动集团发动全面武装叛乱。阿沛老不顾个人安危，设法向十四世达赖喇嘛送去了中央驻藏代理代表谭冠三和他本人的数封信，为争取十四世达赖喇嘛尽了最大努力。同时，他及时安排上层爱国人士搬往中央驻藏机关，保护了他们的生命安全。为了维护祖国统一，中央果断决定平息叛乱。1959年3月28日，周恩来总理发布国务院命令，解散西藏地方政府，由西藏自治区筹备委员会行使职权。阿沛老作为筹备委员会的主要负责人，坚决贯彻中央的决定，坚定站在反分裂斗争的第一线，担负起领导西藏人民平息叛乱、进行民主改革和建设民主政权的重任。