10月17日，马英九在国民党“十八全”上接过信印和党旗。“马英九时代”来临，国民党将迈向以党辅政的“完全执政、完全负责”新局。在“十八全”以及之后的记者会上，马英九就岛内舆论普遍关注的议题给予了回应，其中他谈到了未来对两岸关系的期待——

将致力让两岸建立更多互信(特别报道)

接下印信和党旗

10月17日，国民党第十八次全党代表大会召开。

9时，马英九及国民党荣誉主席连战、前国民党主席吴伯雄3人一起进入会场，副主席随其后。

大会伊始，现场先播放了特别制作的影片——记录吴伯雄任内点点滴滴，向卸任党主席的吴伯雄致意。

9时30分，马英九与吴伯雄进行交接仪式，接下印信，传承党旗，再次正式成为中国国民党主席。交接仪式后，马英九敦请连战、吴伯雄出任国民党荣誉主席，协助其开展台湾对外交往和推动两岸关系。

马英九表示，吴伯雄带领国民党走过最艰苦低潮时刻，并打赢“立委”与当局领导人“大选”两次选举，更在国民党“执政”后前往大陆交流沟通，由衷期盼吴伯雄能在未来两岸交流方面，给予建议和指导。

马英九说，连战是在国民党败选之际稳住士气，并完成国共破冰之旅，建构国共互动平台，发展两岸关系的关键人物，因此，日后也期盼连战能在两岸关系上给予指导和协助。

连战在致辞中呼吁，两岸关系和平发展是大势所趋，国民党要拿出魄力。他说，两岸关系的和平发展是大势之所趋、人民之所望，攸关我们的生活发展和子孙的幸福和平。在两岸关系上，只要是为了台湾的发展，当局应该当断立断，当做立做，老百姓一定会给予百分之百的支持。

吴伯雄对马英九回任党主席表达了祝福与期待。他说，马英九领导台湾，其人格特质让台湾对廉能政治可以有所期待。党政同步，完全负责，相信以后“执政”会更好。