当然，台湾学者以至是当局也应当很好地思考大陆与学者提出的一些论点，如外交学院前院长吴建民的“大陆与台湾不可能对等，台湾若以“一边一国”身份参加国际组织就有问题”，中国国防战略研究所前所长潘振强少将的“在两岸统一前，台湾老百姓希望在国际上有活动的空间，而且是以尊严的状态介入国际事务，是可以理解的，但这‘合理’有个前提，就是不要造成‘两个中国’的观点”等。正是有了面对面的争论，才能有进一步缩小距离的机会。看来，国台办主任王毅月前关于两岸进行政治对话的“趋同化异论”，正在发挥作用。

随着中共省委书记梁保华的访台及日后还将会有更多的省级党委书记访台，及“两岸一甲子”学术研讨会涉及政治、涉外、军事议题的探讨，“二轨”的政治交流及对话正逐渐加温。而且，由于是逐渐加温，并让台湾民众深切地受到“其实也没有什么可怕”，就自然而然地形成民意所趋。在马英九认为时机成熟，毅然前往大陆进行“胡马会”并启动两岸政治对话时，就不会令人有“突然”的感觉，大幅减降情绪上的冲击，民进党要反也反不起来，就像目前民进党在民意压力之下，并没有“杯葛”这几项具有政治意涵的交流活动那样。

就此而言，相对于十八年前的“两岸关系研讨会”打开了两岸学术交流大门，这次“两岸一甲子”学术研讨会，相信也没有形成打开两岸政治对向大门的强大推力。