政治组有共识，也有分歧。中国社科院台研所所长余克礼表示，两岸学者赞同“九二共识”是双方进行协商谈判的基础，以及应促进两岸政治关系发展。余克礼说，在和平协议部分，两岸学者有共识、也有争议，大家都认为两岸应签署和平协议，签署和平协议是两岸和平发展的一环，两岸学者可就和平协议展开研究讨论，为正式协商做准备。不过，对于和平协议签署的时机、方式，以及协议的内容性质，双方仍有歧见。

余克礼说，两岸学者对建立两岸政治互信，促进两岸良性互动看法一致，各有一些好的建议和共识，可提供给两岸有关部门参考。

综合组的军事安全讨论，两岸学者一致认为军事安全是安全事务核心，妥善处理，可以避免误判、防止意外，要适时建立两岸军事安全互信机制。

在涉外事务方面，大陆在台湾参加世界卫生大会方面已经释出善意，但大陆学者也有疑虑，如果台湾不停要求“参加国际组织”，会不会反而鼓励了“台独”意识？如果未来民进党上台，会不会利用这一局面，继续在国际社会制造“两个中国”甚至“一中一台”？

中国军事科学院原副院长李际均在会议指出，在“九二共识”和反对“台独”的基础上，导弹部署可以商量，不过它是两岸协商的结果而非前提。在当前的形势下，他看到两岸存在以“非战争手段”解决争端的可能性。他建议在南海开发问题上，两岸不妨先协防，共同维护中华民族的固有疆域。他提出：承认“一中”原则，比建立五十万大军都管用。不“台独”，就安全。这位将军的看法很有见地，也值得台湾“朝野”各界认真思考。

两岸“一甲子”也是“一家子”，这种非官方的“二轨”研讨会今后应该经常举办，使之成为两岸官方决策的重要依据。