在二零零零年的“总统”选举中，他是“陈吕配总部”的执行总干事，不管选情多么恶劣，他一直稳中待变，在宋楚瑜声势居高不下之时，扁阵营一度慌乱。而“兴票案”爆发后，邱义仁力排众议，反对在连宋之间的“口水战”中凑热闹，坚持陈水扁应该按照既有的选举节奏去打选战即可，果然在整个“总统”大选过程中，扁阵营是出错最小的一支团队，这全靠邱义仁的政治分析。

在二零零四年的“总统”选举中，“陈吕配”受到“连宋配”的严重威胁，却在关键时刻发生“三•一九”枪击事件，从而令选情一夕翻盘，使陈水扁反败为胜，仅以三万九千多票的微弱多数获得连任。人们从邱义仁在记者会上的那神秘一笑，断定令到改写选举战果以至是历史的“两颗子弹”是邱义仁的“杰作”，连受害者之一的吕秀莲长期以来也是坚持此说。尽管“三•一九枪击案”的真相至今未明，是否由邱义仁制造也没有确实的证据予以确定，但由从蓝军到绿营都直指是由他一手泡制的“舆论审判”看，邱义仁真无愧于“第一智多星”之喻。

吴乃仁则擅长于组织战和宣传战。吴乃仁是“新潮流系”的龙头大老，与邱义仁长期主导“新潮流系”的走向。吴乃仁属于民进党内“智库中的智库”，虽然长期无任何公职身份但发发言份量却属于“重量级”。思虑缜密的吴乃仁不讳言其发言都经过策略考虑，不过他也强调，其策略都是为谋求台湾人的福祉，绝对不是为个人利益出发。

“新潮流双仁”协助陈水扁接连赢了两场“总统”选战及二零零四年的“立委”选举之后，随后的几场重要选战，便很少参与。有人说是因为邱义仁的那句著名豪语“割喉割到断”，坏了他的“战略之神”的名声，及吴乃仁已出任证券交易所董事长，不再过问政事。