参与第一线谈判的官员认为，这项美国牛肉修法一定会影响台美关系。美国处心积虑想把带骨牛肉、绞肉、内脏销到台湾，以后还想出口到市场更大的中国大陆及日本，台湾是第一步就被挡下，美国必定会有报复行动。何况台湾不但违反“台美牛肉议定书”，也违反了WTO惯例，现在得寻求美方谅解，双方重启谈判。美方肯定十分恼火，重新谈判有困难。此事会严重伤害台美间的TIFA谈判，伤害台美互信，未来军购是否出现变量、高层对话是否中止，都有可能。

马团队低估了台湾内部反抗美国牛肉进口的力量，径自和美方签订“台美牛肉议定书”，然后又无法得到“立院”的背书，即便能与美国重新谈判，头上插着个言而无信的标签，先自矮了半截。

怎么克服？台湾数十年来以小事大，处处看美国老大哥的脸色。社会上正热烈讨论美国牛肉进口事件时，美国AIT主管颐指气使，发表意见，说吃美国牛肉的疯牛症几率比在台湾骑摩托车出意外低多了，引起社会上的反感。

很多人认为台美关系很重要，论者多以军购为主要理由。美方不卖武器给台湾，就影响到台湾的安全。另有一说，横竖美国也没安好心，卖些过期的军火，售价又出奇的昂贵，吃定台湾。当冤大头60年了，还要这么干下去？协商谈判应该互相体谅，只顾自己的利益就谈不下去。自美国牛肉发现疯牛症以来，台湾的进口牛肉来自澳大利亚、新西兰，吃得很开心，大家忘了美国牛肉。准许部分美国牛肉进口，是朋友间的善意帮助，不领情也就罢了，还颐指气使欺负人，的确有些过分。