体制不配套

由于我国车改不是自上而下地进行，这种下边车改上边未改的状况，出现了一些体制性的摩擦。

税收问题。因公车属于执行公务中的行政性消费，未进行车改的地区或部门，公车消费是免税的，而车改后获得货币化交通补贴的公务人员，因收入增加却要交纳个人收入调节税，增加了车改后公务人员交通费支出成本。

公车指标配置问题。未进行车改的地区和部门公车报废或重新购置，可以享受上级部门或财政拨付的公车配置指标及经费待遇，而车改后的地区和部门却不再享有这些待遇。

价格补贴问题。在油价上涨时期，未进行车改的地区或部门，可以享受到政府的价格补贴，而车改后获得货币化交通补贴的公务人员就得不到这种价格补贴。

工资津补贴科目限制问题。2007年我国规范公务员津补贴以来，因财政部门对各地区、各部门津补贴项目和额度等出台了限制性规定，致使未进行车改的地区和部门无法再操作货币化后的交通补贴项目，也致使车改后的地区和部门难以操作因经济发展变化需要调整的交通补贴标准。