二十世纪二、三十年代，可以说是海峡两岸歌仔戏交融的黄金时期，这宝贵的20年里，歌仔戏回到了故土，闽南人把它视为本土代表性的地方剧种，在流传过程中，民间艺术家们又在它的基础上不断地丰富和发展。而台湾的民间艺术家们，在将歌仔戏带入厦门之后，在广泛传播的过程中，又吸收了闽南艺术家丰富的表演内容和表现手段，然后又将它带到台湾。两地的歌仔戏就是这样不断地融合，不断地发展，从而使歌仔戏迅速地适应两地观众的欣赏要求和欣赏情趣。

在闽台两省关系史上，最能代表乡音乡曲的莫过于芗剧和歌仔戏了。台湾歌仔戏的源头在闽南芗江流域，而芗剧的血脉又连结着台湾宜兰的土壤。它的孕育的过程，深深地包容了民族迁徙的足迹与思乡念祖的情丝，以及台湾长期沦为荷兰、日本殖民地的血泪。因此，不论是台湾的歌仔戏，还是闽南的芗剧，它们所共有的音乐唱腔的主旋律如[大哭调]、[宜兰哭]、[琼花哭]、[卖药哭]、[滚仔哭]、[九字哭]、[运河哭]，以及那大量的低沉深切的杂念调与民歌小调，它使歌仔戏的整个格调体现出民族危机的情感，使歌仔戏的整个肌体都深深地打上了时代的烙印。因此，可以这样说，歌仔戏与芗剧是闽台两岸同胞用血与泪浇灌培育出来的一朵相思花。

历史的分分合合，总是让血亲相连的骨肉魂牵梦绕，在悲欢离合的歌仔戏故事中，离多于合，悲多于欢。１９４９年后，海峡两岸对峙。两岸歌仔戏从此走过了30多年不同的路。直到１９９０年，台湾著名歌仔戏艺术家、台湾薪传奖获得者廖琼枝女士应邀到厦门参加“闽台地方戏曲研讨会”，并与厦门市芗剧演员进行表演交流，这才使得两岸歌仔戏在分割40年之后有了首次交流表演。１９９０年，福建举办了“’93海峡戏剧节暨福建省第１９届戏剧会演”，台湾“一心歌仔戏团”应邀参加，演出了《戏看生死关》，在福州和漳州等地引起了轰动。这是分割４４年后台湾歌仔戏首次回福建演出。１９９５年６月，福建省漳州市芗剧团跨过海峡，实现了双向交流，开启了歌仔戏历史新的一页。台湾《民生报》写到：“相隔４０余年，第一支大陆歌仔戏带着‘同源同曲’心情抵台，来自福建的漳州市歌仔戏团主要演员昨日率先亮相，开口唱出‘七字调’、‘都马调’与台湾的歌仔戏几乎是一模一样，令很多人吃惊不已。团员一个个一口标准闽南话，真是不亲不行。”

近年来，两岸歌仔戏有了更多的交流和沟通，规模最大的应该算是２００１年在台湾和福建举行的“百年歌仔——２００１年海峡两岸歌仔戏发展交流研讨会”，闽台两地学者１００多人，演员５００人参加了这次交流活动。