此次湖南会战，除第九战区外，还从第三、第六战区抽调兵力。由于参战系统不一，容易出现多头指挥。除蒋介石越级指挥外，侍从室主任林蔚也常以蒋的名义发号施令。薛岳作为第九战区司令长官在其防区内自有调兵遣将之权。李玉堂等集团军主官也可名正言顺地指挥其下属。衡阳会战期间，蒋介石指派军委会副总参谋长白崇禧前往桂林，协调指挥衡阳一带战事。白崇禧在战略方针上本与军令部长徐永昌意见不一，薛岳的作战意图亦与白崇禧不同。在这种不统一、也不专一的多头指挥之下，难免前后矛盾，左右失调，令作战部队无所适从。以第六十二军为例，该军属余汉谋第七战区建制。长沙告急后，蒋介石电令余汉谋调第六十二军担任衡阳外围作战任务，归第二十七集团军副总司令李玉堂指挥。据该军军长黄涛晚年回忆，该军在衡阳参战期间，重庆军事委员会侍从室主任林蔚常以蒋介石的命令直接指挥；薛岳也以第九战区司令长官名义来指挥；李玉堂又以第二十七集团军副总司令名义来指挥。第六十二军处于多头指挥而又命令不一的情况下，只好以军事委员会蒋介石的命令为行动依据，直接与侍从室主任林蔚密切联系；有时故意藉蒋介石的命令去抵制第九战区司令长官薛岳的调遣，薛岳亦无可奈何。

由于参战系统有别，多头指挥无所适从，部队长官骄不从命，地方部队保存实力等诸多因素，致使参加会战各部队之间步调不齐，协同作战能力差。战场指挥官缺乏自动与邻接部队联系策应的习惯。第十军苦守衡阳40余日，而前往解围的野战军如与城内守军适时配合，或可收内外夹击之效，无奈当内围突出时，外无援应；当外围进击时，内徒固守。另一方面，前往解围的各部队之间缺乏联络，步调不一。各军逐次前往解围，此去彼来，未能集中各军优势兵力与日军决战，结果坐失良机，陷于被日军各个击破的败局。

四 官兵素质与战斗力

湖南会战历时三个多月，双方参战人数，国军先后投入16个军、40多个师，35万~38万人；日军先后投入10个师团，25万~28万人。双方伤亡人数，据日军方面的统计，国军死亡66468人，被俘27447人，伤病132485人，合计226400人；日军伤亡6万多人。《湖南会战》下册，第71页；《日本帝国主义侵华资料长编》（下），四川人民出版社，1987，第314页。而国民政府军令部的统计，国军伤亡90557人（死49370人），日军伤亡66809人。