1943年底省委机关迁到闽中，就近指导沿海抗日，同时打通了与各地区联系的路线，开创出新的抗日局面。

在日军第二次侵犯福建前，省委根据当时急速发展的形势，预计到日军“也有侵占福建的可能”（《中共福建省委关于准备抗日游击战争政策指示》1944年9月20日）。1944年9月，省委发出了《关于准备抗日游击战争政策指示》，强调必须首先着重于筹集经费和武器，组织抗日游击队。10月福州第二次沦陷之后，省委发出《关于抗日游击战争第二次指示》，要求各级党组织抓住时机，积极开展抗日游击战争，放手发展人民抗日力量，坚决打击汉奸。省委还对如何开展抗日游击战争问题进行了具体部署，决定以省委自卫武装主力部队到闽侯南屿进行“闪电式”公开抗日，扩大共产党在抗日战争中的影响，并打出“福建人民抗日游击队闽中司令部”的旗号，司令员兼政委黄国璋，副司令员陈亨源，参谋长刘润世，政治部主任林汝楠。在省委的领导下，沿海沦陷区的抗日游击战争再掀高潮。党领导的沿海抗日游击战争的蓬勃发展，不但振奋了全省人民的抗日斗志，同时也激励了国民党官兵的爱国热情，推动了国民党反对日本侵略者的斗争。1945年5月，日军在福建沿海军民的不断打击下，开始由福建向浙江沿海撤退。共产党领导下的抗日武装配合当地驻军全面出击，收复失地，驱敌下海，惩治汉奸。5月18日，日军撤出闽中闽东沿海各县。