1938年底，生活书店由武汉迁到重庆，这是他第二次赴渝。他将生活书店总管理处设在民族路冉家巷13号，生活书店是一个出版社，下面有书、有刊物和报纸。他对进步的东西，光明的东西，民主的东西有强烈的追求。他手里有出版社，又有刊物和报纸，发挥了巨大的能量。

邹韬奋在重庆期间，经常跑的地方有两处，一是周公馆，二是图书杂志审查委员会。在曾家岩50号周公馆，邓颖超有时还邀请邹夫人沈粹缜。那时，周恩来和邹韬奋常常在客厅里畅谈。

图书杂志审查委员会对生活书店的“审查”异常严厉。到1941年2月，除了重庆分店之外，生活书店在国统区内的50余家分店全部被当局封闭，所有职工被逮捕或遣散，邹韬奋接连向国民党政府提出强烈抗议。1941年2月23日，在第二届国民参政会第一次会议开幕之前，邹韬奋摔掉了国民参政员的乌纱帽，独自南下香港。

1944年7月，韬奋先生因患癌症在上海病逝，享年49岁。延安《解放日报》出版《邹韬奋先生逝世纪念特刊》，毛泽东在特刊上发表题词称：“热爱人民，真诚地为人民服务，鞠躬尽瘁，死而后已，这就是邹韬奋先生的精神，这就是他之所以感动人的地方。”