北宋时期，置福建路，行政区划为福、建、泉、漳、汀、南剑六州及邵武、兴化二军。南宋孝宗时升建州为建宁府。福建路因此包括一府五州二军；府、州、军实际是同一级行政机构，共计8个，故福建号称“八闽”。这时，福建全省有42个县，成为东南全盛之邦。宋景炎元年(1276年)，元军攻破宋都临安(今杭州)，宋帝赵显被俘。益王赵昰、广王赵昞逃到福州，陆秀夫、陈宜中等拥立赵昰在福州即位，改元景炎，升福州为福安府，定为行都，力图恢复宋室江山。后因王积翁叛变，南剑州失守，福州被元兵攻破，帝昰由朝臣拥戴渡海去广东。

元至元十七年(1280年)，在福建境内同时设立福州、泉州2个行省。嗣后撤复不定。元代中叶，全国分为11个行省，福建境内设8个路，归江浙行中书省管辖。直到至正十六年(1356年)恢复福建省。

明朝洪武元年(1368年)，福建全省八路改为福州、建宁、延平、邵武、兴化、泉州、漳州、汀州八府。成化九年(1473年)，恢复被废为县的福宁州，直隶于布政司。终明一代，福建设八府一州。清顺治二年(1645年)五月，清兵攻下南京，南明弘光皇帝朱由崧被俘杀。郑鸿逵、苏观生等迎唐王朱聿键来闽。六月，朱聿键在福州即皇帝位，建元隆武，改福建为福京、福州为天兴府。翌年，隆武政权覆灭。

清代，福建区划继承明制。省下辖有福州、兴化、泉州、漳州、延平、建宁、邵武、汀州八府及福宁州。顺治十三年(1656年)，郑成功改厦门为“思明州”。康熙元年(1662年)，郑成功驱逐荷兰殖民者后，改台湾为东都，设承天府，置天兴、万年两县，又在澎湖设安抚司。郑经治理台湾时，把东都改名东宁，升天兴、万年两县为州。康熙二十三年(1684年)，清廷统一台湾后增设台湾府，属福建统辖，下设三县一厅。雍正二年(1724年)，升福宁州为福宁府；十二年(1734年)，升永春、龙岩两县为直隶州。光绪十一年(1885年)，台湾府单独设省。到清末统计，福建省共设有9府、2州、58县、2厅。省与府之间还设4个分道作为派出机构：宁福道驻福州，辖福州府、福宁府；兴泉永道驻厦门，辖兴化府、泉州府、永春州；汀漳龙道驻漳州，辖汀州府、漳州府、龙岩州；延建邵道驻南平，辖延平府、建宁府、邵武府。

此外，清代在福建设置闽浙总督(驻福州或杭州)和福建巡抚。督、抚原属临时设置，可是后来迄未取消。由于督、抚权力很大，成为全省最高军事、民政长官，原来正式的省一级长官——布政使、按察使，反成属官。另外，清朝还设置管领满洲驻防旗兵的镇守将军，原和地方行政无关，却兼管海关和粮储道、盐法道，遂也成省级官员。

辛亥革命后，历届中央政权均置福建省。民国2年(1913年)，废除府、州制度，分设东、南、西、北四路观察使。民国3～16年(1914～1927年)改设闽海、厦门、汀漳、建安4个道；合并闽县、侯官为闽侯县，建安、瓯宁为建瓯县；改永春州、龙岩州为永春县、龙岩县；废除厅制，改平潭、云霄为县；析出同安县的厦门岛成立思明县。经过改革，全省计有4道、61县，仍然是省、道、县三级建制。民国23年(1934年)末，废除道的制度，成为省、县两级制；设10个行政督察专员区，分别驻长乐、福安、南平、仙游、同安、漳浦、龙岩、长汀、邵武、浦城等地。这是福建划分专区的开始。经过一段试行，又改划为7个行政督察区。在这前后，对县、市也作了调整。民国17年(1928年)，从龙溪县划出华安县；民国22年(1933年)，改思明县为厦门市；1934年，把光泽县划给江西省(1949年划回)；民国29年(1940年)，从沙县、明溪、永安县各划出一部分设立三元县，从建瓯划出一部分设水吉县；民国34年(1945年)，柘洋(原属霞浦)、周墩(原属宁德)两个特种区改建柘荣、周宁二县；民国35年(1946年)，把闽侯县的鼓楼、南台、仓山等地划出设立福州市。这样，从民国35年(1946年)至1949年解放前夕，全省共分7个行政督察区、2市、67县。